Der Blender ist ganz einfach metrisch, eine Einheit ist genau ein Meter.
Verbindungen zwischen Innen- und Außenwand sind nicht zwingend nötig, aber sehr hilfreich: erstens vermeidest du so unschöne durchsichtige Stellen, zweitens machst du dem Blender das Berechnen der korrekten Normalen so viel leichter. Wenn du getrennte Oberflächen hast, dann weiß das Programm oft nicht, in welche Richtung eine Oberfläche "schaut" und das exportierte Modell sieht dann völlig umgekrempelt aus.
Du kannst also an allen Ausschnitten entweder Flächen im spitzen Winkel aufeinandertreffen lassen, oder du brichst den Winkel, indem du die Innen- und Außenseite ein paar cm auseinandersetzt und sie dann mit einem "Fensterrahmen" verbindest. Geht beides, und was besser aussieht, hängt wohl vom Betrachter und vom Projekt ab.
Nimm in beiden Fällen den Edge Split: damit sagst du dem Blender, daß du scharfe Kanten haben möchtest; sonst wird alles gnadenlos abgerundet, sobald du auf "Smooth" drückst. Das sieht bei Türen und ähnlichem nicht gut aus. Der Winkel gibt an, ab welchem Kantenwinkel eine Ecke nicht mehr gerundet, sondern scharf gelassen wird. Probier damit ein wenig herum: du brauchst einen, der groß genug ist, damit die Türen scharf ausgeschnitten sind, aber klein genug, daß er dir andere Ecken nicht schärft.