Beim Durchbrechen der Wand und dem Extrudieren sind zwar viele Flächen entstanden, ich habe aber, wo es geht, die Flächen verschmolzen. Nach dem fbx-Export waren dann viele zusätzliche Dreiecke entstanden.
Du musst auch die Vertices verschmelzen, nicht nur die Flächen, sonst werden diese beim triangulieren wieder erstellt.