Da ich ein Nachtmensch bin und gerne helfe habe ich dein Savegame jetzt ca. 5 Stunden weitergespielt und rumprobiert ! 
Letztendlich habe ich es hinbekommen dass die Warenfabrik überhaupt wieder produziert, allerdings wollte die Kunststoff-Fabrik aber nicht so wie ich und ich habe dann bei "Plano" einen Güterbahnhof gebaut, das Getreide auf der anderen Seite vom Fluss mit Trucks zur dortigen Fabrik gebracht um Kunststoff zu produzieren und den dann zur Warenfabrik transportiert ! Weshalb die andere Kunstofffabrik nun gar nicht mehr produziert erschliesst sich mir aber auch nicht wirklich !
Bei deiner Map kommen meines Erachtens mehrere Sachen zusammen und das hat das ganze Dilemma hervorgerufen !
So besonders gut können die Linien aber nicht gelaufen sein, ich hab mir mal die Diagramme der Fabriken angeschaut.
Die Strecken sind verdammt lang (einmal quer über die Map mit wahnsinnig großen Abständen zwischen den Stationen), dann hast du 4 oder 5 Linien einschliesslich Personenlinie auf einer zweigleisigen Strecke, das ist eher suboptimal um es vorsichtig auszudrücken .
Einige Städte werden gar nicht mit Gütern beliefert, daher fehlt auch die entsprechende Nachfrage und die Städte wachsen kaum !
Ich fange dein Savegame nochmal an und versuche es anders, an Ideen mangelt es nicht ! 
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Ich hatte etwa 10 einzelne Loks (können auch mehr gewesen sein) rumfahren ohne Waggons ! Das waren genau die Züge bei denen ich den automatischen Fahrzeugersatz eingestellt hatte bzw. wo er zeitlich zuerst fällig war !
