Zu dem Thema plötzliches Neuinstallieren, kann ich mitreden. Das hatte ich schon bestimmt 2/3 mal. Schau dass du deine Mods (lokalen Mods) einfach in einem anderen Pfad speicherst.
Wenn du Steam sagst, selbes Verzeichnis wie vorher installieren, werden nur die Vanilla Dateien zurück gesetzt quasi. Die Mods bleiben bestehen. Hatte das auch schon z.B mit Cities Skylines.
Das irgendein Steam problem, hatte mal geschaut ob es evtl ne Bibliothek vergessen hatte, was aber nicht der fall war. Nach der zwanghaften neuinstallieren / zurücksetzen, war alles wie vorher.
Wie gesagt, sichere deine geänderten Daten und deinen mods Ordner. Das sollte man aber auch so mal machen, wenn man auf Manuelle Downloads setzt, statt Workshop. Damit man immer notfalls ein backup hat, auch wenn man mal eine Ältere Version eines Mods haben möchte/braucht.