Die Mods werden im Savegame verwendet sonst könntest du die einfach deaktivieren und das Savegame lässt sich dann auch laden. Zumindestens bei der Lok bin ich mir da 100% sicher wenn die nirgendwo rumfährt/im Depot rumsteht kann man die deaktivieren und das savegame lädt.
Ausserdem gibt es Möglichkeiten wie man das Problem verhindern kann (TPFMM) oder im nachhinein richten (Dummy Mod)