In keinem Fall wird beim Aktualisieren etwas gelöscht. Die neue Version wird erst heruntergeladen, in einen temporären Ordner entpackt und geprüft. Wenn alles korrekt ist, wird die neue Mod installiert, bei diesem Schritt wird geprüft, ob der Ordner bereits existiert. Falls der Ordner existiert, und Backups vor einem Update eingeschaltet sind, wird nun ein Backup vom Ordner gemacht. Danach wird der alte Ordner gelöscht, und der neue Ordner an die Stelle verschoben.
D.h. es werden auf keinen Fall Ordner gelöscht ohne das der "Ersatz" bereits entpackt und geprüft wurde. Sollte mit dem neuen Mod irgendetwas nicht stimmen, kann versucht werden das Backup wiederherzustellen. Da alle Mods beim Update anhand ihren Ordnernamens erkannt werden und auch nur genau der Ordner ersetzt wird, der den Namen des entpackten Mods hat, glaube ich eher nicht, dass falsche Mods überschrieben wurden...
Die Log-Datei (vom Update, falls noch vorhanden) könnte zumindest Identifizieren welche Mods überschrieben wurden und welche fehlgeschlagen sind...