Genau das kann passieren wenn man einfach über alles mit remove doubles drübergeht. Gut eignet sich das für Bremsleitungen, übertriebene Dachrundungen etc. Alles wo halt keine scharfen Kanten dabei sind.
Übrigens erzeuge ich meine LODs ausschließlich mit dieser Funktion. Um komische Artefakte (schwarze Schatten) zu vermeiden, mache ich dann noch alle Flächen flach. Fällt aus der Entfernung überhaupt nicht auf und ist sehr effektiv.