Meine allgemeine Empfehlung lautet immer wieder: Einfach (alles) das lesen, was dasteht. Steht etwas ungewöhnliches da, stimmt was nicht.
Gelbe Ausrufezeichen - bzw. konkret weißes Ausrufezeichen in einem gelben Dreieck - und das Gleiche in rot weisen auf einen Fehler hin, den man genauer untersuchen sollte. 3 Sterne hinter der Mod-Beschreibung in der ingame-Mod-Liste ebenso.
3 Sterne z.B. können (mir bekannte) zwei Ursachen haben: Fehlerhafte Benennung der Mod-Ordners "modder_modname_1.1" ist falsch, ohne ".1" am Ende ist es korrekt. Wenn in dem Modordner der res-ordner und die mod-lua fehlen, ist meist der gleiche Ordner nochmals drin - ebenso falsch. Ursachen können sein, dass der Modder es falsch gepackt hat oder Fehler in der Bedienung des Entpackprogramms bestehen. Ebenso hatte ich Zips in der Hand, in denen gar kein Haupt-Ordner drin war.
Die ingame-Liste zeigt nicht nur an, welche Mods sich in den vier möglichen Ordnern befinden, sondern zeigt auch an, dass in einem savegame ein Mod aktiviert war und nun nicht mehr vorhanden ist -> rotes Dreieck mit Ausrufezeichen drin.
Ich habe die manuell installierten deaktiviert, Game geschlossen und aussortiert, aber die werden immer noch in der Liste angezeigt.
nach dem Deaktivieren muss das Savegame geladen und abgespeichert werden. Erst dann kann das Game beendet werden. Dann erscheint die gelöschte Mod auch nicht mehr in der Liste. Ist der gelöschte Mod in mehreren Spielständen vorhanden, dann muss diese Prozedur für jeden Spielstand wiederholt werden.