Also erstmal... natürlich gibt es dafür mal wieder von dir DH-106 einen toll erklärten Lexikonartikel 
Das einzige was meiner Meinung nach fehlt ist nur die Info, wie man das nun auch in einen separaten Mod bekommt.
Psymaine
Dazu benötigst du nur die von dir bearbeiteten Dateien in einen neuen Dateipfad zu packen.
Ich erkläre das mal an einem Beispiel:

Du hast die Originalmod, von der du ein Repaint möchtest.
In dem Beispiel habe ich die jetzt einfach mal beispiel_mod_1 genannt.
darin findest du ungefähr diese Ordnerstruktur. Es können stellenweise mehr Ordner sein, der config-pfad kann auch fehlen.
Das ist aber die Grundstruktur, die den Mods zugrunde liegt, und diese Pfade sind die am Schluss für dich wichtigen.
Beginnen wir mit dem blauen Pfad:
Viele Begriffe sollten dir an dieser Stelle schon wieder bekannt vorkommen. Im models-Pfad findest du material, mesh und model.
Innerhalb dieser Ordner ist im Originalmod jeweils ein längerer Pfad, den musst du nachkonstruieren. Je nach dem, was du paintest, könnte der zum Beispiel sein:
beispiel_mod_1/res/models/material/vehicle/train/datei_xy.mtl (für das Material).
beispiel_mod_1/res/models/model/vehicle/train/datei_xy.mdl (für die Modelldatei).
Die .msh verbleiben unverändert im Originalmod.
In die jeweiligen Unterordner deiner neuen Dateisrtuktur müssen dann die einzelnen Dateien jeweils dort, wo sie auch im Originalmod lagen. In unserem Beispiel von oben wäre der neue Speicherort deiner bearbeiteten Dateien dann
dein_repaint_1/res/models/material/vehicle/train/neuedatei_xy.mtl
dein_repaint_1/res/models/model/vehicle/train/neuedatei_xy.mdl
Im orangen Pfad liegen die Texturen.
hier hast du zwei Ordner: models und ui.
ui ist für die hübschen Vorschaubildchen, die man im Depot sehen kann. Wie du die generieren kannst, hat DH-106 schon genannt.
models ist der für uns interessante Ordner. Hier müssen die neuen Texturen rein. das geht eigentlich genauso wie bereits im blauen Pfad - Den Ordnerpfad der Originaltexturen kopieren und dann die neuen Texturen in deinen neu erstellten leeren Ordnerpfad einfügen.
[Nachtrag] Ich habe vergessen, den config-Pfad zu erklären.
Den gibt es nicht immer und er wird auch nicht immer für Repaints benötigt. Wenn du einen mehrteiligen Triebwagen paintest, brauchst du ihn aber.
Hier drin finden sich die multiple units - das sind .lua - Dateien, in denen (mehrteilige) Triebwägen definiert werden.
Wie mit dem Pfad verfahren wird, sollte dir inzwischen klar sein.
Jetzt musst du aber natürlich noch eine neue multiple unit erstellen.
Das ist aber auch kein Hexenwerk. Nimm einfach die Originaldatei, kopiere sie dir in deinen neuen Pfad und öffne sie.
Darin findest du eine Liste, in der alle Wagen des mehrteiligen Triebwagens aufgelistet sind. Innerhalb der Liste findest du verweise auf die .mdl - Dateien. Hier musst du einfach die namen der Originaldateien durch die Namen deiner neuen Dateien austauschen. Dann sollte dein Triebwagen auch im Triebwagenmenü auftauchen.
[Nachtrag Ende]
Jetzt sollte das Repaint eigentlich schon komplett vom Original getrennt und damit im Spiel aktivierbar sein. Falls du das jetzt tust, wirst du aber wahrscheinlich im Spiel nur den Ordnername mit drei Sternchen sowie einer Warnmeldung vorfinden dein_repaint_1***.
Das liegt an der fehlenden mod.lua - Das ist die Datei, die in jedem Mod ganz am Anfang neben dem res-Ordner liegt. In ihr werden Modname und Modautoren definiert. Schau dir am besten ein paar davon an, auch mit wenig Codeerfahrung und einfachen Englischkenntnissen sollte die Datei recht einfach durchschaubar sein.
Schreib dir einfach eine ab und fülle deine wichtigen Daten ein. 
(PS: falls die Sternchen immernoch da sind... hast du das _1 am Ende deines Modordners hinzugefügt? Das ist die Major-Version, also ein Teil der Versionsnummer des Mods, und sollte nicht fehlen. Aus ihr und der Minor-Version in der mod.lua setzt sich die Versionsnummer zusammen, also z.B. 1.0)