Es gibt sicher auch andere Möglichkeiten, aber ich machs immer so, dass getrennte Materialien = getrennte Meshes sind. Hab also bspw dann ein body.msh und eine body_glass.msh. Der "Trick" dabei ist eigentlich nur, dass du dem glass-Mesh ein anderes Material zuweisst dass vom Typ map_color_alpha ist. Schon wird der Alphakanal deiner Textur nicht zur Reflektion genutzt, sondern für Transparenz.
Der Nachteil ist: "glänzende" Scheiben (also Reflektion und Transparenz sind in TF nicht möglich)
Vorteil: Bei solchen Konstrukten wie meinem AGG lässt sich das ganz Prima nutzen fürs Lod. Lod1 wird einfach drüber gemapped, nur dass hier die Scheiben nicht separiert werden und auch als Materialtyp das Stino map_color_reflect haben. Schon wird der Alphakanal wieder wie üblich für Scheiben bei TF zur Reflektion hergenommen.
Mein Fazit? Der Vorteil is mir eigentlich Latte, da das (bisher hab ich keinen anderen Anwendungszweck gefunden) beim Lod eh nich auffällt. Gut, wenn man nach 50m die Scheiben + Innenleben ausblendet... möglich. Aber ich hätte dann doch irgenwie lieber auch die Möglichkeit von glänzenden Scheiben 
Weil gerade dadurch wirken Scheiben ja erst. Hier simple Transparenz wirkt wie fehlende Struktur und fertig. Oder du hast dieses hässliche Pünktchenmuster.
Ich muss gestehn, Transparente Flächen sind nicht einfach für Engines bzw die Entwickler. Aber es geht definitiv besser Das Problem ist halt, dass man in einem Renderpass alles nicht Transparente rendern muss und danach die transparenten Flächen drüber rendern muss mit bestimmten Blending Verfahren. Mir erschließt sich nur ehrlich gesagt garnich, wie man das Ergebnis von TF überhaupt hinbekommt xD
