Es sollte generell nie gefragt werden, ob Ordner überschrieben werden sollen. Diese Meldung habe ich nicht eingebaut und mir wurde sie auch nicht angezeigt. Es wird nur gefragt ob Dateien überschrieben werden sollen, wenn diese bereits von anderen Mods genutzt werden und nicht identisch sind.
Das automatische Aktivieren habe ich mit dem Update auf das neue Design eingeführt, da die meisten User sich mehr daran stören einen Sinnlosen Klick mehr zu machen als das sie Mods hinzufügen, die sie gar nicht benutzen wollen.
Das Problem mit der Sortierung habe ich zur Kenntnis genommen, und ich werde mich damit so bald wie möglich beschäftigen.