Erstmal Danke für das Update des VAE, da hat sich im Vergleich zur Version 1.2 schon einiges getan. 
Das Problem mit dem TPFMM liegt wahrscheinlich darin, dass du deinen Mod Ordner mit einer zusätzlichen Versionsnummer ausgestattet hast. Wenn du im Ordnername den Punkt und die zwei entfernst so dasss der Ordner Gotthard_VAE_Sob_1 lautet, dann sollte es gehen. Versionsänderungen kannst du in der mod.lua im Eintrag "minorVersion =" eintragen. Die Bennenung des rar/zip Pakets ist irrelevant, also kannst du die so lassen.
Wesentliche Fehler wie UI-Bilder und die Durchsicht sind gelöst. Vielleicht solltest du dir aber nochmals das Cockpit des Sob VAE NPZ ABt anschauen, da sieht man jetzt komplett durch (also keine Rückwand, nichts).
Ausser bei den Doubletten, bleiben jetzt auch die Passagiere in den Wagen. Aber da weiss ich nicht ob etwas machbar ist, da du da selber ein Problem mit dem Script hattest.
Und als letztes könnten die BDt vielleicht noch eine Überarbeitung vertragen. Die Gummis am Wagenende sind fast unsichtbar und das Bounding vorne scheint zu kurz zu sein, da sich die Spitze im angehängten Fahrzeuge befindet. Vielleicht schaust du dir noch die Bodentextur Ingame an, ob die so sind wie du es möchtest, für mich sieht sie aus, als würde sie fehlen.