Ich würde auch auf die Import/Export Industrie tippen, wie VacuumTube erwähnt hat.
Wenn die voll am "Güter-rausschmeissen" ist und Dein Abtransport nicht mitkommt, dann bricht der Spielfluss jedesmal gewaltig ein, wenn Bahnhöfe oder Depots voll sind, erst recht, wenn da verschiedene Gütertypen gleichzeitig anstehen.
Ich habe diese Beobachtung auf einer meiner Karten gemacht, als ich ebenfalls auf einmal ruckeln, Zeitlupe und kurze Stillstände hatte. Sobald wieder ein grosser Zug Güter abgeholt hat lief es für kurze Zeit normal wie es sollte, kaum war der Bahnhof voll und die Industrie am weiterproduzieren, ging es wieder "bachab" mit dem Spielfluss.
Als Lösung musste ich mich auf einen einzigen Gütertyp einschränken und eine 2. Import/Export bauen, welche die Güter entgegennimmt. Den Ueberschuss habe ich dann mit einer Extralinie dort abgeladen. Und dazu muss ich noch erwähnen, dass ich eine Mod drinn habe, die die Produktion der Vanilla Industrien auf das 4 fache erhöht, was sich glaub eben auch auf die Import/Export Industrie auswirken kann.
Danach lief die Karte wieder normal und ohne Probleme.
Die Import/Export Industrie eignet sich am besten, wenn sie direkt in einer Stadt gebaut wird und nur für die Güter dieser Stadt waren produziert. Hier produziert sie nur so viel, wie die Stadt verlangt.
Benutzt man sie für Industriezufuhr von Rohgütern, wie Eisen, Kohle usw. passiert eben das, was ich oben beschrieben habe.