Hm, ich geh davon aus, das in Transport Fever alle Waren weiter verarbeitet werden, die zu Industrien geliefert werden müssen. Wenn angelieferte Waren nun aber nicht weiter verarbeitet werden, dann ist der Warenfluss unrealistisch umgesetzt, da diese Waren dem Produktionskreislauf verloren gehen. Das steht im direkten Gegensatz zu der Information von UG: "Realistischer Warenfluss (Waren gehen nie verloren)".
Natürlich kann UG das auch schlicht unbedacht formuliert haben, aber mich würde es ziemlich negativ Stimmen, wenn UG wiederholt den Fehler mit dem endlichen Lagerplatz macht. Das Industrien sich erweitern können ist da unerheblich, viel wichtiger sind bei einem endlichen Lagerplatz die absoluten Zahlen. Und die Möglichkeit, manuell als Spielelement, das Lager vergrößern zu können. Da nun Waren "springen" können, sind vom Spieler zu bauende Lager auch kein großer Programmieraufwand mehr. Wie UG sich da entscheidet oder entschieden hat, sagen wir mal ... ich erwarte das Schlimmste. Und hoffe auf eine schöne Überraschung. 
Zu deiner "Vermutung":
Gerade beim gezeigten Stahlwerk, wo 2 Waren angeliefert werden ist es schnell passiert, das ein Warenlager überfüllt wird. Wenn nun der Spieler trotzdem Geld für die überfüllte Waren kriegt, die die Industrie aber nicht weiter verarbeitet, wird eine in der Realität wirtschaftlich unsinnige Aktion vom Spiel belohnt.
Andererseits wäre es eine Lösung für den von dir Beschriebenen Fall. Damit müsste kein Zug unwirtschaftlich warten und das Problem mit zu kleinen (Eingangs)Lagern würde damit teilweise umgangen ... glücklich wäre ich damit aber definitiv nicht.
MFG PMV