Ich baue mein Eisenbahnverbindungen gerne mit Zwischenstopps auf, je nach Größe der Stadt gibt es dann zusätzlich 1 oder 2 Regionalbahn-/ S-Bahnhöfe, wo nur die Nahverkehrszüge halten.
Obwohl der IC schneller zwischen Stadt A-B ist, nehmen nur ein kleiner Teil den schnelleren Zug.
Was dazu kommt ist, dass man bei den Nahverkehrszügen zwischen den Städten umsteigen muss. Also hat der Nahverkehrszug zwischen Städten A-B 3 oder mehr Stopps und zwischen den Städten B-C auch noch mal. Also braucht er länger zwischen den Städten, als der Fernverkehr.
Jetzt hatte ich schon mal ausprobiert ob es ein Unterschied ist, wenn ich den IC nur zwischen den Städten A-C halten lasse oder A-B-C. Dabei stellte ich dann fest, dass es keinen Unterschied macht und die Leute die Nahverkehrszüge bevorzugen. Egal ob sie 2 mal umsteigen müssen und 5 mal halten als 1mal.
Selbst wenn die Taktzeit identisch ist.
Ich geh davon aus, dass der FV dann auch eigene Gleise hatte und nicht durch den NV aufgehalten wurde?
Hast du überprüft, ob wirklich Leute, die von A nach C (jeweils nahe Hbf) wollen, lieber den NV nehmen und in B umsteigen - oder handelt es sich vlt um Leute, die zwischen A und B eingestiegen sind und für die das dann schneller geht, als zu A zurückzufahren und den FV zu nehmen?
Der NV bringt einen halt oftmals näher zum persönlichen Endziel, vom Hbf müsste man vlt erst noch zurückfahren bzw. liegt näher am persönl. Startpunkt
Außerdem könnte sein, dass sich die Einwohner in TpF eher Ziele in einer Nachbarstadt suchen als in einer entfernten Stadt und sich daher der NV mehr lohnt?
Die KI ist so auf einer Route fixiert.
Ich habe eine Regiobahnhof und 2 Linien (A-B & A-C) halten dort.
Mittlerweile kann man ja sehen, in welche Richtung die Leute warten.
Nun kommt ein voller Zug aus Stadt B (Richtung A-Hbf) an, ein Teil steigt aus und danach füllt sich der Zug wieder. Ein Teil der Passagiere bleibt auf dem Bahnsteig zurück.
Kurz danach kommt ein Zug aus Stadt C (Richtung A-Hbf) an, Leute steigen aus, aber die anderen nicht ein.
Warum steigen die dann nicht ein? Ist das Programmier-Technisch nicht lösbar (Wenn Zug Route X voll, dann auf Route Y nehmen)?!
Wenn ich in Köln Mülheim stehe und es kommt die RE1 Richtung HBF an und der ist voll nehme ich die RE5 oder RE48 oder eine der S-Bahnen. Gut, ich muss den Bahnsteig wechseln, aber das sollte die KI hinbekommen. 
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Die KI Einwohner entscheiden sich immer für eine bestimmte Linie - je nach Takt, Geschwindigkeit, Preis. So flexibel, dass sie den nächsten passenden Zug nehmen, sind die einfach nicht ...
Das war auch schon zB in Cities in Motion und Train Fever so.
Kritisch wird's dann, wenn man das im Reallife übernimmt 
Und dann gibt es auch noch Fahrgäste die auf der Route A-B-C-D von B nach A wollen vorher über C, D, C und B nach A fahren oder von A nach A...
Wenn die Linie überfüllt ist, nehmen Fahrgäste oft einen Umweg in Kauf, um sich einen Platz zu sichern. Wenn sie für B->A ewig warten müssten, weil schon viel zu viele Leute warten, ist es immer noch schneller, in die Gegenrichtung einzusteigen und sitzen zu bleiben. Vollkommen logisch & sozusagen die Strafe dafür, dass man nicht genug Fahrzeuge drauf schickt
(denn sie zahlen nur den Ticketpreis von B nach A Luftlinie, blockieren aber Plätze für die andere Richtung)
Von A nach A? Hmm, vlt weil die Abdeckung des Bahnhofs erst dann gilt, wenn sie dort aussteigen?
In solchen Fällen muss man aber ausschließen, dass es sich nicht um "verwirrte" Fahrgäste aufgrund von Umbaumaßnahmen/Linienänderungen handelt.