Im config-Ordner sind beim Be 2/6 die Triebzüge aufgeführt, beim Be 4/4 sind nur Triebwagen und Wagen vorhanden.
Schau mal in der mdl des Kupplungswagens, ob der Eintrag "multipleUnitOnly = false," vorhanden ist.
Du kannst auch versuchen, den Eintrag "groupFileName = "vehicle/train/mark_86_be44_fw_group.mdl"," zu löschen. Dann sollte der Wagen nicht mehr im Menü mit den Triebwagen sein.